牡丹江医学院是本科院校。
学校本科招生面向全国28个省、自治区、直辖市，现有全日制硕士研究生、本科生11866人。学校开设临床医学、医学影像技术、制药工程、公共事业管理等21个本科专业，涵盖医学、理学、工学和管理学4个学科门类。其中临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验是省级重点专业，临床医学、医学影像学、医学检验技术、制药工程四个专业列为省级一流本科专业建设点。医学影像学是省级一类特色专业、国家级一类特色专业建设点和省人才培养模式创新实验区，口腔医学、临床医学、医学影像学、麻醉学专业列为本科一表招生。临床医学、基础医学、生物学、护理学、公共卫生学、药学、生物医学工程为硕士学位授权一级学科,硕士授权二级学科30个。基层实用型临床医学列为黑龙江省“双一流”建设项目——全省特色学科建设学科。基础医学、生物学、内科学和影像医学与核医学为省级重点学科。人体解剖学、组织学与胚胎学、医学遗传学、病原生物学、医学影像设备学和诊断学为省级精品资源共享课程，《常见感染病》、《常见心血管病的诊治》为省级精品在线开放课程，《灿烂的口腔》为省级精品视频公开课程，《机能学》为省级线上线下混合式一流课程。
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